Zimą na obszarach wyżynnych często występują przymrozki.
Charakterystycznym elementem aury na wybrzeżu są częste mgły, przez cały rok panuje duża wilgotność pomimo braku opadów.
Wody Sieć rzeczna jest bardzo uboga z powodu niskich opadów. Rzeki stałe występują jedynie na obrzeżach kraju. Oranje, Okawango i Kunene są rzekami wyznaczającymi północną i południową granicę kraju. W północno-wschodnim krańcu Namibii wzdłuż granicy z Zambią, na krótkim odcinku płynie Zambezi. Wszystkie są jedynie rzekami przepływającymi przez kraj, co znaczy, że ich źródła leżą poza granicami Namibii.
Namibia leży na obszarze dwóch zlewisk – Oceanu Atlantyckiego i Oceanu Indyjskiego, przy czym do tego ostatniego należy północno-wschodni kraniec państwa. Rzeka Zambezi płynie na wschód przez Zambię, Zimbabwe i Mozambik, gdzie uchodzi do Oceanu Indyjskiego. Reszta terenów państwa (centralna część kraju) to obszary bezodpływowe. Poza tymi wyżej wymienionymi rzekami reszta to rzeki okresowe, pojawiające się w czasie letnich deszczów.
Jezior w zasadzie nie ma, występują głównie słone zbiorniki o okresowym charakterze. Największe z nich – jezioro Etosza na północy jest słone, wypełnia się ono wodami po obfitych opadach deszczu.