W 1992, podczas pierwszej trasy zespołu, Keenan poznał Billy’ego Howerdela, pracującego jako technik grupy Fishbone, będącej z Toolem na wspólnym tournée. W 1999 Keenan i Howerdel założyli zespół A Perfect Circle (choć plany wspólnego projektu powstały już w 1996), do którego wkrótce dołączyli Paz Lenchantin, Josh Freese i Troy Van Leeuwen.
Od połowy lat 90. wraz z m.in. Trentem Reznorem (Nine Inch Nails), Dannym Lohnerem (Nine Inch Nails) i Charliem Clouserem (Nine Inch Nails) przez około dekadę współpracował nad industrialnym projektem muzycznym Tapeworm.
W 2003 wraz z Dannym Lohnerem (ex-Nine Inch Nails, Tapeworm, Black Light Burns i in.) zapoczątkował industrialno-rockowy projekt Puscifer. Pierwsza płyta ukazała się w październiku 2007 pod nazwą V is for Vagina.
Keenan mieszka w Arizonie, gdzie założył winnicę i produkuje wino pod szyldem założonej przez siebie firmy Caduceus.
Publikacje Maynard James Keenan, Sarah Jensen, A Perfect Union of Contrary Things, Backbeat Books, 2016,
Dyskografia
Rage Against The Machine – Rage Against The Machine (1992, Epic Records, gościnnie) Green Jellö – Cereal Killer Soundtrack (1993, Zoo Entertainment, gościnnie) Deftones – White Pony (2000, Maverick, gościnnie) Lustmord – The Word As Power (2013, Blackest Ever Black, gościnnie)