Przy przekraczaniu sowiecko-niemieckiej linii demarkacyjnej zatrzymany przez niemiecki patrol graniczny, jednak został zwolniony przy pomocy niemieckiego oficera, który był katolikiem. Zamieszkał w Krakowie przy ul. Krowoderskiej 48, koło klasztoru Sióstr Wizytek. Zaangażował się w działalność konspiracyjną. Uczył także w tajnych gimnazjach i liceach.
W 1942 został oddelegowany przez kardynała Adama Stefana Sapiehę do pracy duszpasterskiej Polski Walczącej; mianowany zastępcą księdza generała Piotra Niezgody i dziekanem korpusu Armii Krajowej Okręgu Kraków. Został odznaczony Krzyżem Srebrnym Orderu Wojennego Virtuti Militari (1943), Krzyżem Walecznych, Złotym Krzyżem Zasługi z Mieczami, Medalem Wojska (Polska Obrońcy Swemu) i Krzyżem Armii KrajowejPiotr Szubarczyk: Ksiądz płk dr Józef Zator-Przytocki "Czeremosz" (21 I 1912 – 26 XI 1978), "Nasz Dziennik", nr 281 (2691), 2-3 grudnia 2006.
W 1945 został przeniesiony do Gdańska i mianowany administratorem parafii Najświętszego Serca Jezusowego we Wrzeszczu. Do 1948 odbudował zrujnowany pod koniec wojny kościół i zorganizował życie parafii. W maju 1948 obronił doktorat na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika Toruniu.