W roku 1845 znajdująca się w zaborze rosyjskim Rada Administracyjna Królestwa Polskiego ogłosiła amnestię dla większości powstańców listopadowych, ale Skarżyński nie został nią objęty (m.in. jako uciekinier poza granice Królestwa Polskiego). Natomiast już w rok później zaangażował się w kolejny zryw niepodległościowy.
Od stycznia 1846 Erazm Skarżyński działał w konspiracji, spotykając się z tak znacznymi osobami jak Jan Tyssowski czy Ludwik Mierosławski. Po wybuchu powstania zorganizował w Aleksandrowie jeden z najlepiej przygotowanych oddziałów powstańców, tzw. krakusów i 24 lutego stanął z nim w Krakowie. Tego samego dnia Tyssowski, jako dyktator powstania, mianował Skarżyńskiego Wodzem Naczelnym wojska polskiego.
Pełniąc swoje nowe obowiązki Skarżyński aktywnie – tj. poprzez odezwy – starał się zmobilizować mieszkańców Krakowa do przyłączenia się do walki lub przynajmniej o udzielenie pomocy materialnej ochotnikom. Z jego rozkazu oddziały kawalerii oraz Zygmunta Jordana i Romana Prackiego obsadziły odpowiednio: rejon Michałowic, Kielc i Wolbromia. Z kolei inny oddział podległy Edwardowi Dembowskiemu z jego rozkazu opanował Wieliczkę. Wódz naczelny nie ustrzegł się jednak błędów, m.in. zaniechał pościgu za oddziałem gen.