Modyfikacji w strukturze studiów dokonano po śmierci Tadeusza Kowalskiego w 1948 r., tworząc 3 specjalizacje: arabistykę, iranistykę oraz turkologię. W tym samym roku zlikwidowano Katedrę Sanskrytu i Filologii Indyjskiej, a w jej miejsce utworzono Katedrę Językoznawstwa Ogólnego, którego kierownikiem został wówczas Jerzy Kuryłowicz (1895–1978). Niezależnie od niej funkcjonowała Katedra Językoznawstwa Indoeuropejskiego, którą powołano do życia jeszcze przed II wojną światową. Zajęcia językoznawcze w ramach studiów iranistycznych prowadzili pracownicy Katedry Językoznawstwa Ogólnego – Tadeusz Pobożniak (1910–1991), uczeń Heleny Willman-Grabowskiej. Warto zaznaczyć, że przed reaktywacją krakowskiej indianistyki zajęcia z języków indyjskich, hindi i sanskrytu, odbywały się właśnie w ramach studiów iranistycznych.
Początki krakowskiej iranistyki były skromne, ponieważ przez pierwsze dwie powojenne dekady zajęcia prowadzili pracownicy Katedry Językoznawstwa (prof. Wojciech Skalmowski (1933–2008)) i osoby zatrudnione na godzinach zleconych (m.in. Władysław Dulęba (1920–1987), prof. Andrzej Pisowicz). Kolejna zmiana w strukturze Katedry Filologii Orientalnej miała miejsce w 1972 roku.