obecnie jednak dąży się do tworzenia pełnoatomowych reprezentacji symulowanych układów. Jednakże z powodu bardzo dużego rozmiaru cząsteczek podejście takie nadal stosowane jest w przypadku biopolimerów, przykładowo bardzo często reszty aminokwasowe w białkach przybliżane są za pomocą jedynie czterech atomów.
Sposób realizacji thumb|300px|Funkcja potencjału w mechanice molekularnej dla modelu ciągłego rozpuszczalnika. Cała energia badanego układu obliczana jest przy pomocy funkcji potencjału nazywanej polem siłowym. Energia wyznaczana jest dla każdej konformacji i jest ona sumą kilku niezależnych wyrażeń:
gdzie wkłady od energii kowalencyjnej i niekowalencyjnej dane są następującymi wyrażeniami
Dokładna forma wyrażenia na energię potencjalną jest zależna od wyboru pola siłowego oraz zależy od wyboru programu komputerowego wykorzystywanego do przeprowadzenia obliczeń. W ogólności udziały pochodzące od długości wiązań i kątów pomiędzy nimi są wyznaczane na podstawie przybliżenia oscylatora harmonicznego wycentrowanego na długości równowagowej wiązania. Długości te wyznaczane są za pomocą pomiarów doświadczalnych lub wyznaczane teoretycznie przy pomocy znacznie dokładniejszych metod ab-initio, traktujących cząsteczki jako układy całkowicie kwantowe.