Pochowano go we Florencji, gdzie grób wyrzeźbili mu rzeźbiarze Donatello i Michelozzo.
Edward Gibbon w Zmierzchu i upadku cesarstwa rzymskiego twierdzi, że Jana XXIII oskarżano o piractwo, morderstwa, gwałty, symonię oraz kazirodztwo, a poważniejsze zarzuty tuszowano. Istnieją sugestie, że zarzuty te należy postrzegać w kontekście politycznym ówczesnej epoki i traktować jako mocno przesadzone. Zwolennicy tego podejścia zwracają uwagę na ich podobieństwo do uznawanych powszechnie za w większości fałszywe oskarżeń wysuwanych przeciw templariuszom.
Uwagi Nie należy mylić antypapieża Jana XXIII z żyjącym w XX wieku papieżem Janem XXIII. Fakt, że do XV wieku imię Jana przyjęło bardzo wielu biskupów Rzymu, a przez następne ponad 500 lat żaden tego nie uczynił, to prawdopodobnie skutek kontrowersji wokół statusu Cossy. Gdy konklawe obrało na papieża Angela Roncallego i przyjął on imię Jana, powstało pewne zakłopotanie, czy zostanie on Janem XXIII czy XXIV. Nowy przywódca Kościoła rzymskokatolickiego przybrał ostatecznie imię Jana XXIII, oddalając wszelkie wątpliwości. Decyzja ta miała służyć potwierdzeniu nieprawowitości pontyfikatu pierwszego Jana XXIII. Numeracja papieży o imieniu Jan nadal jest przedmiotem sporów.