Z dniem 1 sierpnia tego roku otrzymał tytuł naukowy oficera dyplomowanego i przydział do 30 Poleskiej Dywizji Piechoty w Kobryniu na stanowisko oficera sztabu. W latach 1938–1939 odbywał praktykę liniową w 23 pułku artylerii lekkiej w Będzinie na stanowisku dowódcy 8. baterii.
Podczas kampanii wrześniowej Fudakowski służył jako oficer operacyjny w sztabie Grupy Operacyjnej „Śląsk”. W listopadzie 1939 przez Węgry dostał się do Francji. W Wojsku Polskim we Francji zarządzeniem Wodza Naczelnego z dniem 3 maja 1940 został awansowany na stopień majora artylerii. Po kampanii francuskiej trafił do Wielkiej Brytanii. Tam przeszedł kurs spadochronowy oraz kurs broni pancernej. Wkrótce został odwołany do służby w sztabie Naczelnego Wodza w Londynie. W 1944 został wysłany do Włoch, gdzie 31 października tego roku został dowódcą 12 pułku ułanów podolskich, którym dowodził podczas walk w Apeninach Emiliańskich. Po demobilizacji Polskich Sił Zbrojnych wyjechał do Kanady, gdzie osiedlił się na stałe. Zmarł 12 maja 1992 w Cowansville (Quebec, Kanada). Jego prochy zostały przewiezione do Polski i złożone na cmentarzu powązkowskim w Warszawie.