Waczyński znajdował się w składzie pierwszej drużyny Prokomu Trefla także w sezonach 2005/06 i 2006/2007, jednak w obu z nich nie wystąpił w rozgrywkach najwyższej klasy rozgrywkowych. W sezonie 2005/06 występował za to w drugoligowym wówczas zespole rezerw Prokomu Trefla, w którym w 13 meczach ligowych zdobywał średnio po 4,8 punktu. W kolejnych rozgrywkach także grał w II lidze, tym razem jednak w drużynie OSSM PZKosz Sopot, gdzie wystąpił w 17 spotkaniach, zdobywając przeciętnie po 16,1 punktu. Jednocześnie Waczyński był jednym z czołowych zawodników drużyny juniorskiej Prokomu Trefla, z którą w 2006 r. i 2007 r. zdobywał tytuły mistrza Polski w tych kategoriach wiekowych. W 2007 r. ponownie zagrał także w juniorskim Meczu Gwiazd Pomorskiego Okręgowego Związku Koszykówki, w którym zdobył 25 punktów dla zespołu Wschodu, za co został nagrodzony tytułem MVP tego spotkania.