Kierownictwo Prezesi Instytutu Instytutem Pamięci Narodowej kieruje Prezes Instytutu Pamięci Narodowej. W pierwotnym stanie prawnym był wybierany na wniosek Kolegium Instytutu Pamięci Narodowej przez Sejm za zgodą Senatu na pięcioletnią kadencję. Do wyboru Prezesa Instytutu przez Sejm niezbędna była większość kwalifikowana, która w tym wypadku wynosiła 3/5. Zgoda Senatu wyrażana była bezwzględną większością głosów. Był to jedyny przypadek w polskim prawodawstwie przewidujący wybór wysokiego urzędnika państwowego większością kwalifikowaną. Natomiast w stanie prawnym do 15 czerwca 2016 r., zgodnie z przyjętą przez Sejm w dniu 29 kwietnia 2010 (podpis Marszałka Sejmu pod ustawą) nowelizacją ustawy, Prezes Instytutu Pamięci Narodowej nadal wybierany był przez Sejm za zgodą Senatu, ale już bezwzględną większością głosów, a nie kwalifikowaną 3/5, na okres 5 lat, na wniosek Rady Instytutu Pamięci, która zgłasza kandydata spoza swojego grona. Od 16 czerwca 2016 r. Prezes Instytutu Pamięci Narodowej wybierany jest wciąż przez Sejm za zgodą Senatu, ale zgodnie z art. 31 ust. 1a Regulaminu SejmuArt. 31

1. Wybór albo powołanie poszczególnych osób na stanowiska państwowe określone w art. 26–29 następuje bezwzględną większością głosów.