Po powrocie do kraju osiedlił się w Toruniu, gdzie zatrudnił się w Zakładzie Botaniki Ogólnej Uniwersytetu im. Mikołaja Kopernika. Jego specjalizacją była paleobotanika. 5 czerwca 1950 Stefan Kownas obronił pracę doktorską i otrzymał stopień doktora nauk przyrodniczych, cztery lata później ukończył pracę habilitacyjną. Rok później toruńska uczelnia przyznała mu tytuł docenta. W 1954 w Szczecinie rozpoczęto tworzenie Katedry Botaniki w Wyższej Szkole Rolniczej, profesorowi powierzono funkcję kierownika katedry. Podczas pracy akademickiej Stefan Kownas był kolejno prodziekanem, dziekanem oraz prorektorem ds. nauki. W dniu 17 września 1960 otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego, a siedem lat później, tj. 22 kwietnia 1967 – tytuł profesora zwyczajnego. Praca naukowa profesora Kownasa była skoncentrowana na paleontologii i dendrologii.
Mimo awansu naukowego nigdy nie zaprzestał działalności wychowawczej. Zmieniało się jej miejsce i wychowankowie, ale nie zmieniało podejście do drugiego człowieka.