Do ochrony chorągwi utworzono urząd wielkiego koronnego chorążego, który to podczas uroczystości państwowych zajmował miejsce z prawej strony króla. Od połowy XVI w. każdy oddział wojska posiadał chorągiew, której płat złożony był z kolorów układanych w pasy, trójkąty lub szachownice. Na niektórych z nich zaczęły się pojawiać różnego rodzaju dewizy. Wojska zaciężne otrzymywały chorągiew w momencie rozpoczęcia formowania oddziału. Niszczono ją uroczyście w obecności wszystkich żołnierzy podczas jego rozwiązywania. Jazda używała małych chorągwi – kornetów. Ówczesne chorągwie i proporce różniły się znacznie między sobą wielkością płata, materiałem, z którego został wykonany, wykonaniem i kształtem.
Barwy biało-czerwone pojawiły się na chorągwiach na początku XVII w. Poziome biało czerwone pasy nawiązywały do barw herbowych. Nie zawsze jednak były zestawione na płachcie w heraldycznej kolejności. W tym też okresie barwę czerwoną często zastępowano karmazynową. Chorągwie wyróżniały oddział wojskowy, wskazywały kierunek uderzenia lub miejsca zbiórki. W czasie walki chorągiew była zawsze chroniona przez doborowy pododdział. Otaczano ją czcią, oddawano honory i na nią składano żołnierskie przysięgi. Podczas uroczystości z udziałem chorągwi żołnierzy obowiązywał mundur galowy.