Gdy to nie poskutkowało, podjęły one interwencję zbrojną i obaliły nowe władze, nie zwracając uwagi na protesty słabszych kantonów katolickich. W 1674 roku miała miejsce bitwa pod Miluzą.
Miluza tworzyła niezależną republikę aż do wcielenia do terytorium francuskiego 4 stycznia 1798 w czasach Dyrektoriatu. thumb| thumb|Mury miejskie Z racji dość późnego przyłączenia do Francji, a także dlatego, że Miluza była wówczas niezbyt ważna, jej rola administracyjna pozostała ograniczona. Wobec tego Colmar, dziś mający znacznie mniej mieszkańców, jest prefekturą (stolicą) departamentu, podczas gdy Miluza została podprefekturą dopiero w 1857 roku.
Do rozwoju Miluzy, otoczonej terenami wiejskimi, przyczynił się przemysł tekstylny i garbarski, później także przemysł chemiczny i mechaniczny od połowy XVIII wieku. Ma związki z Luizjaną, skąd sprowadza bawełnę, a także z krajami Lewantu.