Zrezygnował ze stanowiska i przyłączył się do Mustafy Kemala, organizującego opór przeciw alianckim planom rozbrojenia i rozbioru Turcji, czego zapowiedzią było rozpoczęcie 19 maja 1919 przez Grecję okupacji tureckich wybrzeży Azji Mniejszej i znany przebieg rokowań prowadzonych w Paryżu nad kształtem traktatu pokojowego państw Ententy z Turcją. Po rozpoczęciu 23 kwietnia 1920 w Ankarze obrad Wielkiego Zgromadzenia Narodowego TurcjiParlamentu złożonego z ok. 100 deputowanych parlamentu Turcji osmańskiej, którzy zbiegli do Ankary znajdującej się pod kontrolą narodowej armii tureckiej Kemala i 190 deputowanych wybranych w okręgach., Çakmak został deputowanym z okręgu Adany. Wielkie Zgromadzenie Narodowe Turcji pod przewodnictwem Kemala uchwaliło na wniosek Kemala stworzenie Armii Narodowej i wybrało İsmeta Inonü na szefa sztabu generalnego. W konsekwencji 3 maja 1920 Çakmak został ministrem obrony w rządzie Kemala. Rząd osmański wydał na niego wyrok śmierci.