Klimat thumb|Komory – zdjęcie satelitarne Wyspy leżą w strefie klimatu podrównikowego wilgotnego, z silnymi wpływami morskimi. Średnia temperatura roczna wynosi około , jedynie na znacznych wysokościach – poniżej . Na kraterze Kartali średnia roczna wynosi . Na niewielkie amplitudy i wysokie temperatury ma wpływ nie tylko typ klimatu, ale i obecność oceanu. Z tego względu do częstych zjawisk należą burze, występujące średnio 80 dni w roku. Opady w kraju są wysokie, a ich ilość zależy od wyniesienia nad poziom morza. Średnia roczna wysokość opadów waha się w granicach od 1000 do 3000 mm. Na deszcze mają wpływ także wiatry (wyspy znajdują się pod wpływem wiatrów monsunowych). Mimo obecności oceanu i niewielkiej powierzchni wysp występują pory suche. Na wschodnich wybrzeżach Njazidiji i Nzawani pora sucha trwa pół roku, jednak występują wtedy opady. W czasie pory deszczowej opady nasilają się do 250 mm miesięcznie.
Wody Mimo dużych opadów sieć rzeczna jest bardzo słabo wykształcona. Ze stoków wulkanicznych wypływa niewiele rzek, są one krótkie i wartkie, z licznymi wodospadami i progami. Żadna nie nadaje się do żeglowania.