W wyniku aresztowań przez hitlerowców polskich działaczy na Powiślu 25 sierpnia 1939 zatrzymany został kierownik placówki Jan Mondry, a na okres II wojny światowej szkoła zawiesiła działalność. Jej wznowienie nastąpiło 30 kwietnia 1945. Szkoła została powiększona, a jej pierwszym powojennym kierownikiem została Maria Rajska. Nowy gmach szkolny (obecny) oddano do użytku 1 września 1952. Liczył on 250 m². W latach 1953–1957 w jego części funkcjonowało Liceum Pedagogiczne. Przy nim funkcjonowała szkoła ćwiczeń pod kierownictwem Jana Makary, który po przemianowaniu jej na szkołę podstawową po rozwiązaniu Liceum pozostał kierownikiem placówki. 20 listopada 1960 patronem szkoły został Franciszek Jujka, którego głaz upamiętniający odsłonięty został przy budynku szkoły. W 1973 powołano Gminnego Dyrektora Szkół, w wyniku czego placówka funkcjonować zaczęła jako Zbiorcza Szkoła Gminna w Starym Targu. Projekt sztandaru ze znakiem Rodła, który przekazany został szkole 1 czerwca 1974, wykonał syn patrona – Zbigniew Jujka. 1 czerwca 1979, przy okazji obchodów 50-lecia szkoły, otwarta została Izba Pamięci. W 1984 placówka przyjęła nazwę Szkoła Podstawowa im. Franciszka Jujki w Starym Targu.