Supercząsteczki mogą ulegać dalszej agregacji w wielocząsteczkowe zespoły supramolekularne, które mogą być jedno- lub wielofunkcyjne w zależności od rodzaju cząsteczek wchodzących w ich skład. Zespół molekularny jednofunkcyjny może np. transportować cząsteczki różnych substratów, ale tylko pod warunkiem, że będą one miały jakiś określony element wspólny (m.in. grupę funkcyjną lub zdefiniowany tzn. o takiej konformacji i konfiguracji układ grupy atomów jednego z fragmentów cząsteczki), po którym poszczególne receptory wchodzące w skład zespołu będą odróżniały te indywidua chemiczne od wszystkich od wszystkich innych. Zespół molekularny wielofunkcyjny może, w zależności od temperatury, przyłożonego napięcia elektrycznego lub pola magnetycznego, naświetlania czy pH roztworu, wykazywać jedna z trzech (opisanych powyżej), charakterystycznych dla układów supramolekularnych funkcji. To, która z funkcji zostanie "włączona", może również zależeć od rodzaju użytego substratu;