Poszukiwany przez Gestapo ukrywał się.
W czasie okupacji Zarząd Główny SN, mając na uwadze bezpieczeństwo księdza i jego duże zdolności organizatorskie, powołał go na stanowisko do centrali Wydziału Organizacyjnego do Warszawy, dokąd wyjechał, by kontynuować działalność w podziemiu narodowym SN i NOW.
Gustaw Józef Nachajski zginął w powstaniu warszawskim w nieznanych bliżej okolicznościach, pod przybranym nazwiskiem Tadeusz Tomicki (prawdopodobnie rozstrzelany) na placu Narutowicza 2 sierpnia 1944 r.
Bibliografia Dionizy Garbacz, Przechodniu, pochyl czoło, 2005, s. 115 Krzysztof Kaczmarski, Podziemie narodowe na Rzeszowszczyźnie 1939–1944, Instytut Pamięci Narodowej – Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu, 2003,
Kategoria:Duchowni diecezji tarnowskiej Kategoria:Ludzie związani z Niskiem Kategoria:Ludzie związani z Sieniawą Kategoria:Uczestnicy II wojny światowej Kategoria:Powstańcy warszawscy Kategoria:Politycy Stronnictwa Narodowego Kategoria:Politycy Stronnictwa Ludowego Kategoria:Urodzeni w 1898 Kategoria:Zmarli w 1944 Kategoria:Ludzie urodzeni w Ulanowie