Pierwotny statut, którego kopii nigdy nie odnaleziono, prawdopodobnie zawierał cechy wprowadzające rozróżnienie pomiędzy mieszkańcami New Jersey, a osobami spoza tej prowincji. Utrudniało to gromadzenie funduszy dla uczelni. Aby to zmienić, gubernator William Franklin wydał w 1770 roku nowy statut, na mocy którego Rutgers University działa do dziś.
W maju 1771 roku Rada Powiernicza zagłosowała za ustanowieniem Queen’s College w New Brunswick i pierwsze zajęcia odbyły się w listopadzie tego samego roku w tawernie o nazwie „The Sign of the Red Lion”.
W kwietniu 1809 roku położono kamień węgielny pod budynek Queen's College, dziś zwany Old Queens. Jego budowa zajęła 14 lat i ponad dwukrotnie przekroczyła pierwotny budżet. Architektem był John McComb Jr. (1763–1853), który zaprojektował także nowojorski ratusz.
W grudniu 1825 roku nazwa uczelni została zmieniona na cześć pułkownika Henry'ego Rutgersa, bohatera wojny o niepodległość. Pochodził on ze starej holenderskiej rodziny z Nowego Jorku, „bogaty kawaler znany ze swojej filantropii”.