Przebieg leczenia thumb|300px|Fazy leczenia kanałowego Metoda leczenia zależy od rozpoznania klinicznego. Procedura leczenia kanałowego obejmuje zazwyczaj następujące etapy:thumb|200px|Ząb podczas zabiegu endodoncji Izolacja pola zabiegowego – zalecane jest założenie koferdamu, który izoluje leczony ząb od śliny, chroni pacjenta przed aspiracją narzędzi oraz zapewnia suchość i sterylność pola pracy. Otwarcie komory zęba i usunięcie martwej lub żywej miazgi (żywą usuwa się w znieczuleniu miejscowym). Opracowanie kanałów korzeniowych – odbywa się przy użyciu narzędzi kanałowych z jednoczesnym obfitym płukaniem. Etap ten ma na celu całkowite usunięcie miazgi oraz toksyn bakteryjnych z kanalików zębinowych i przygotowanie poszerzonego kanału do wypełnienia. Do płukania stosowany jest między innymi podchloryn sodu. Osuszenie kanałów.