Na cmentarzu żydowskim przy ulicy Okopowej w Warszawie znajduje się tablica pamiątkowa poświęcona jego osobie. Tablica upamiętniająca Aleksandra Margolisa jest również na terenie mauzoleum radogoskiego (oddział Muzeum Tradycji Niepodległościowych w Łodzi).
Życie prywatne Urodził się w rodzinie żydowskiej jako syn Izraela (lekarza pochodzącego z Sejn) i Sary.
Z małżeństwa z Anną z domu Markson (1892–1986) miał córkę Alinę (1922–2008), lekarkę i działaczkę społeczną, uczestniczkę powstania w getcie warszawskim i syna Jana (1928–1998), artystę plastyka, projektanta-wystawiennika. Jego zięciem był Marek Edelman (1919–2009). Brat Ignacy Margolis (1893–po 1939) był lekarzem okulistą, razem z żoną Klarą (zm. 1965 w Łodzi) wywieziony na Syberię, gdzie zmarł.
W 1936 mieszkał i miał gabinet w Łodzi przy ul. Przejazd (obecnie ul. J. Tuwima) 20Księga adresowa Łodzi 1936–1939, rozdz. Schematyzm miasta, s. 47., krótko przed wojną wyprowadził się do willi przy ul. Mostowej (obecnie ul. Aleksandra Zelwerowicza) 34a.