71..
W 1587 zgodził się na elekcję syna Zygmunta na tron polski; wykształcony, interesował się teologią i historią, usiłował doprowadzić do zbliżenia między luteranizmem a katolicyzmem. Pod wpływem żony sprowadził do Szwecji zakon jezuitów, a w 1576 zgodnie z jego wolą wprowadzono nową liturgię wzorowaną na katolickiejMaciej Serwański, Józef Dobosz, Słownik władców Europy nowożytnej i najnowszej. Poznań 1998, s. 188.. Interesował się sztuką, szczególnie architekturą. Po śmierci Katarzyny poślubił Gunnillę, z którą miał syna Jana, urodzonego w 1589 roku. W tym samym roku Jan III, zawiedziony niechęcią Polaków do walki przeciwko Moskwie, próbował ściągnąć swojego syna do Szwecji. Jego decyzję zablokowała arystokratyczna Rada Królestwa (Riksråd), za co jej członkowie popadli w niełaskę. Jan III, chcąc złamać szwedzką arystokrację, zawarł przymierze z Karolem Sudermańskim. Jednak będąc już śmiertelnie chory, przywrócił urzędy odtrąconym arystokratom, wymuszając na nich przyrzeczenie, iż po śmierci króla nie dopuszczą Karola do rządów w kraju.
Jego dewizą było łacińskie zdanie „Deus protector noster” (Bóg jest naszym obrońcą). Zmarł w Sztokholmie. Został pochowany w katedrze w Uppsali. Jego nagrobek jest dziełem gdańskiego rzeźbiarza (pochodzenia flamandzkiego) Willema van den Blocke’a.