Kwerenda Przed pracami podwodnymi badacze zapoznają się z danymi źródłowymi. Studiowanie map, dzienników i dokumentów naprowadza badaczy na zatopiony okręt lub port. Wywiady przeprowadzane z miejscową ludnością okazują się źródłem wielu cennych informacji (poławiacze pereł czy też gąbek spędzają wiele godzin pod wodą i mogą naprowadzić badaczy na trop okrętu lub ruin).
Rozpoznanie Pod wodą możliwe jest prowadzenie odpowiednika badań powierzchniowych. Zespół nurków wyposażonych w płetwy i aparaty do nurkowania przeszukuje w tyralierze wyznaczony obszar, rejestrując i lokalizując stanowiska archeologiczne.
Do rozpoznania podwodnego w archeologii wykorzystuje się również metody geofizyczne. Łodzie mogą holować podwieszony w odpowiedniej odległości magnetometr, który wykrywa przedmioty wykonane ze stali i żelaza. Nadajnik sonaru może emitować ultradźwięki, których odbicie po zarejestrowaniu jest przetwarzane w graficzny obraz ukształtowania dna. Dzięki umieszczonemu pod łodzią sonarowi poddennemu możliwe jest uzyskanie obrazu obiektów ukrytych pod dnem.
Archeologia lotnicza także ma swój udział w badaniach podwodnych.