Zajmowała się zatrudnianiem pielęgniarek. Od początku istnienia szpitala, pielęgniarki dobierane były spośród kobiet świeckich i cały czas doszkalane. Zofia Szlenkier wymagała całkowitego poświęcenia pracy, toteż pielęgniarkami mogły w nim być jedynie kobiety bezdzietne i niezamężne. Założenie rodziny było równoznaczne z utratą pracy. Odbywały w nim także praktyki uczennice nowoczesnych szkół pielęgniarstwa. Spośród personelu szpitala wyłoniły się również pierwsze nauczycielki pielęgniarstwa pediatrycznego.
W 1920 skończyła kurs w Szkole Pielęgniarstwa im. Florence Nightingale we Francji (Bordeaux). W 1928, po otrzymaniu dyplomu została dyrektorką w Warszawskiej Szkole Pielęgniarstwa, którą zarządzała do 1 grudnia 1936. Następnie podjęła pracę w szpitalu.
Uczestniczyła w pracach Polskiego Stowarzyszenia Pielęgniarek Zawodowych oraz Polskim Towarzystwie Szpitalnictwa (w obu stowarzyszeniach była członkiem honorowym).
We wrześniu 1939 roku Szlenkierówna została poważnie ranna w niemieckim nalocie na Warszawę. Była leczona w jednym ze stołecznych warszawskich szpitali.