Fundusz nie zastosował się do zaleceń pokontrolnych, zaś protokół z tej kontroli zaginął.

We wrześniu 1990 roku, w czasopiśmie „Głos Wolnego Robotnika”, ukazał się artykuł Michała Falzmanna, urzędnika Izby Skarbowej, który kontrolował niektóre związane z FOZZ transakcje firmy „Universal” i który odegrał znaczącą rolę w odkryciu i nagłośnieniu afery FOZZ.

28 stycznia 1991 roku rozpoczęła się kontrola NIK w FOZZ. 1 kwietnia 1991 roku do zespołu kontrolnego dołączył Michał Falzmann. Pod koniec kwietnia 1991 roku, w czasopiśmie „Spotkania”, ukazał się artykuł w którym nagłośniono nadużycia przy wykupie polskiego długu zagranicznego oraz opublikowano fragmenty dokumentów. Po tej publikacji o nadużyciach w FOZZ informowały również inne media, odbył się także program telewizyjny z udziałem Ryszarda Bugaja.

Kontrola NIK zakończyła się 25 czerwca 1991 roku podpisaniem protokołu kontrolnego przez zarząd FOZZ. Protokół wskazywał na liczne nadużycia oraz „utajniony” sposób prowadzenia działalności, polegający na wydawaniu poleceń ustnych i unikaniu dokumentacji zlecanych transakcji. Protokół opisywał liczne nieprawidłowości w obracaniu przez FOZZ sumą 9,8 biliona starych złotych (980 milionów PLN) przekazanych przez Ministerstwo Finansów, jako dotacja na wykup długów.