Większość wyborców była jednak przeciwnego zdania – projekt uzyskał aprobatę, a Higgins stracił sporo swojej osobistej popularności. Pogrążył się jeszcze bardziej swoim sprzeciwem wobec II wojny burskiej, co również było niezgodne z poglądami większości. W efekcie w roku 1900 stracił miejsce w parlamencie Wiktorii.
W 1901 został jednym z posłów pierwszej kadencji do nowo powstałej federalnej Izby Reprezentantów. Oficjalnie został wybrany jako kandydat Partii Protekcjonistycznej, ale poparcia udzieliła mu również Australijska Partia Pracy (ALP), uznając jego poglądy za bliskie własnemu programowi. Kiedy w 1904 ALP utworzyła gabinet Chrisa Watsona, nie miała w szeregach swojej frakcji parlamentarnej doświadczonego prawnika mogącego objąć urząd prokuratora generalnego. Watson poprosił więc Higginsa, aby wypełnił tę lukę. Higgins przystał na propozycję lewicy. Tym samym stał się jedynym w historii Australii członkiem labourzystowskiego gabinetu, będącym równocześnie członkiem innej partii.