Władze niemieckie rozpoczęły intensywne wysiedlanie rodzin polskich z Kowala w 1940 r., wywożąc je do Rzeszy, a na ich miejsce osiedlając rodziny pochodzenia niemieckiego z terenów nadbałtyckich, wołyńskich, galicyjskich i czarnomorskich (Besarabia). W październiku 1944 r. miejscowa żandarmeria aresztowała grupę patriotów kowalskich i doprowadziła ich do włocławskiego Gestapo. Zostali oni ostatecznie osadzeni w obozie Groß-Rosen, z którego już nie wrócili. Także niektóre składniki majątku kulturowego i religijnego zostały przez okupantów zniszczone, np. kaplica św. Rocha, figura św. Józefa i cztery inne kaplice przydrożne położone wokół miasta.