thumb|250px|Wenecka twierdza Naksos Sam Sanudo rządził przez 20 lat, do 1227 roku. W czasie swoich rządów ukształtował system, w którym miejscowa ludność grecka zachowywała swoje dotychczasowe przywileje i organizację społeczną w zamian za wierność wobec nowych władców. Książę Marco założył na Naksos arcybiskupstwo katolickie, jednak, w odróżnieniu od następców, nie próbował wprowadzać przymusowej konwersji na katolicyzm wśród ludności greckiej.
Za rządów Marco II Sanudo, większość wysp, z wyjątkiem Naksos i Paros została utracona na rzecz odnowionego Cesarstwa Bizantyjskiego. W 1317 roku Kompania Katalońska podbiła większość pozostałości Księstwa. W 1383 pod wodzą rodu Crispo wybuchło powstanie, które obaliło dynastię Sanudo.
W 1566 roku łacińscy władcy zostali usunięci przez osmańskiego sułtana Selima II, któremu wówczas płacili trybut. Sułtan ustanowił w księstwie swojego przedstawiciela, ostatniego księcia, portugalskiego Żyda, Józefa Nasi. Po jego śmierci, w 1579 roku, księstwo wcielono do Imperium osmańskiego.
Pomimo likwidacji księstwa aż do 1617 roku ród Gozzadini utrzymał władzę nad wyspą Sifnos, zaś do 1714 roku w rękach weneckich pozostała wyspa Tinos.