W składzie 1 pułku kawalerii KOP walczył w kampanii wrześniowej 1939. 5 września, w okolicach Sieradza, został ciężko ranny. Po kilkumiesięcznej rekonwalescencji, wydostał się ze szpitala, i z pomocą żony Marii, rozpoczął działalność konspiracyjną. Celem jego działań stało się nawiązanie kontaktu z żołnierzami 12 pułku Ułanów Podolskich i zorganizowanie z nich szwadronu oraz bieżąca pomoc „Podolakom”, a także ich rodzinom znajdującym się w ciężkiej sytuacji materialnej. Dwunastego każdego miesiąca organizowane były spotkania „Podolaków” w prywatnym mieszkaniu Janiny Chojnackiej w Warszawie przy ulicy Filtrowej 67. Tak utworzył się zalążek Koła 12 pułku Ułanów PodolskichHistoria Koła 12 Pułku. Już wiosną 1940 utworzył się szwadron 12 pułku Ułanów Podolskich Armii Krajowej, nad którym dowództwo objął rtm. Czesław Nowackitamże.
Po wojnie został awansowany do stopnia majora. Pozostał również nieformalnym prezesem Koła 12 pułku Ułanów Podolskich, które do 1991 roku działało na terenie Polski nieoficjalnie. W 1988 Leon Będkowski zrezygnował z pełnienia funkcji prezesa Koła. Zajął się m.in. pisaniem wspomnień, które w 1997 roku ukazały się w Krakowie nakładem wydawnictwa JAXAZobacz: Będkowski, Leon "Nieśmiertelni. Wspomnienia służby Ułańskiej". JAXA, Kraków 1997, .