Czasy nowożytne W roku 1528 władcy marchii Brandenburg-Kulmbach, na której terenie leżało miasto, przyjęli wyznanie luterańskie. Wraz z przeniesieniem ich rezydencji do Bayreuth w roku 1603 nastąpił przełom w historii miasta, które zyskało na znaczeniu. Wydarzenie to przyćmiła jednak seria nieszczęść, jakie nawiedziły gród w początkach XVII wieku: dwa pożary w latach 1605 i 1621 oraz epidemia dżumy w roku 1620. Znaczących strat przysporzyła miastu również wojna trzydziestoletnia.
Stary pałac, wybudowany w połowie XV wieku przez margrabiego Jana Alchemika, po przeniesieniu rezydencji do Bayreuth poddano licznym przebudowom i rozbudowom. W drugiej połowie XVII wieku z inicjatywy margrabiów powstał zewnętrzny pierścień murów miejskich, gimnazjum, barokowy kościół pałacowy oraz reprezentacyjna fontanna upamiętniająca udział margrabiego w odsieczy wiedeńskiej. Jego następca, margrabia Jerzy Wilhelm, w roku 1701 założył w sąsiedztwie miasto będące od 1818 roku dzielnicą Bayreuth. Jego centralnym punktem stała się letnia rezydencja margrabiów ze sztucznym Jeziorem Brandenburskim (osuszonym pod koniec XVIII wieku).