Nie stwierdzono między poszczególnymi taksonami istotnych różnic w budowie mikroskopowej.
Gatunki podobne thumb|left|Goryczak żółciowy, czasem mylony z borowikiem szlachetnym mały|Borowik ciemnobrązowy mały|Borowik usiatkowany mały|Borowik sosnowy Borowik szlachetny mylony jest z innymi gatunkami borowików, do niedawna uważanymi raczej za jego odmiany. W Europie Środkowej najłatwiej pomylić go z borowikiem ciemnobrązowym, który wygląda niemal identycznie jak borowik szlachetny. Jedyną cechą, która różni te dwa gatunki jest kolor kapelusza, który u borowika ciemnobrązowego jest znacznie ciemniejszy niż u szlachetnego. Podobny borowik usiatkowany (Boletus reticulatus) ma zwykle popękaną skórkę kapelusza i ciemniejszy trzon z wyraźniejszą siatką. Z kolei borowik sosnowy (Boletus pinophilus) wyróżnia się zarówno kapeluszem, jak i trzonem o barwie czerwonobrązowej. Poza tym borowik szlachetny odróżnia się od borowika sosnowego i usiatkowanego miejscem najczęstszego występowania. Borowika szlachetnego najczęściej znaleźć można pod świerkami, borowika sosnowego pod sosnami, a borowika usiatkowanego pod dębami i bukami.
W Ameryce Północnej najbardziej podobne gatunki to: Boletus variipes, B. nobilis, B.