Po raz pierwszy opisano Seklerów w kronice Węgier w 1116 roku jako szczep niezwykle waleczny i wierny. Wtedy to wraz z Pieczyngami brali udział w bitwie nad rzeką Olšavą, prowadzoną pomiędzy węgierskim królem Stefanem II a czeskim Władysławem I. W 1146 roku oddział seklerski, wchodzący w skład armii króla Gejzy II, brał udział w bitwie pod Litawą (węg. Lajta) przeciw austriackiemu margrabiemu, Henrykowi II Jasormigottowi. W oddziałach wspierających w latach 1210–1213 bułgarskiego cara Boriła również wspominana jest obecność Seklerów (wraz z Wołochami, Sasami i Pieczyngami). W latach 1217–1221 brali udział w V wyprawie krzyżowej do Palestyny.
Począwszy od Beli III (1172–1196), królowie węgierscy osadzali Seklerów na terenach przygranicznych, pierwotnie przy zachodniej i północnej, a od XIII wieku w południowo-wschodniej i wschodniej części Siedmiogrodu. Ich zadaniem, prócz kolonizacji, była obrona granic Królestwa Węgierskiego. Seklerzy uzyskali wiele przywilejów królewskich, w tym zwolnienie od wszystkich obciążeń feudalnych prócz służby wojskowej. Ich ziemie zorganizowane były w marchię wojskową, co pozostawiło ślady aż po wiek XIX. Seklerzy byli jedną z trzech nacji siedmiogrodzkich (obok Węgrów i Sasów, tj. Niemców), których przywileje zostały potwierdzone aktem Unii Trzech Narodów (Unio Trium Nationum) w 1437 roku.