Po rozpoczęciu procesu rozkładu jajo zostało wydalone z jej ciała.
Podobnie jak u wielu innych pterozaurów, u Darwinopterus występował dymorfizm płciowy. Grzebienie występujące na czaszkach samców prawdopodobnie służyły do ozdoby i były pokryte tkankami miękkimi, które znacznie je powiększały. Prawdopodobnie struktury te wyewoluowały w wyniku działania doboru płciowego. Darwinopterus składały stosunkowo niewielkie jaja, o względnej wielkości zbliżonej jak u łuskonośnych. Jajo samicy ZMNH M8802, o masie szacowanej na 110–220 g, ważyło około 11 g, a pisklę – 4,7 g. Pergaminowata skorupka jaja wskazuje na jego zagrzebanie w ziemi i wchłonięcie przez nie dużej ilości wody po złożeniu. Taki sposób rozmnażania bardziej przypomina występujący u współczesnych gadów niż u ptaków. Prawdopodobnie Darwinopterus, podobnie jak inne pterozaury, nie opiekował się jajami ani potomstwem.