Dymorfizm płciowy Odnaleziono szczątki wielu osobników D. modularis należące do dwóch wyraźnie odmiennych morfotypów. Niektóre z nich cechowały się dużymi grzebieniami na czaszce i stosunkowo niewielką miednicą, której elementy od strony brzusznej były zrośnięte, natomiast pozostałe miały szerszą, niezrośniętą miednicę i nie miały grzebieni na czaszce. W bezpośredniej bliskości miednicy jednego z bezgrzebieniowych osobników zachowało się jajo, co dowodzi, że była to samica i sugeruje, że wszystkie bezgrzebieniowe osobniki to samice, a te z grzebieniami – samce. Jest to jeden z najbardziej ewidentnych przykładów występowania dymorfizmu płciowego u pterozaurów. Obie płcie osiągały zbliżone rozmiary; dorosły osobnik ważył prawdopodobnie około 110–220 g.
Systematyka Pozycja filogenetyczna Darwinopterus według Lü i współpracowników (2010) Pozycja filogenetyczna Darwinopterus według Andresa i Myersa (2013) Według analizy kladystycznej przeprowadzonej przez Lü Junchanga i współpracowników Darwinopterus jest taksonem siostrzanym dla pterodaktyli i jedynym pterozaurem niezaliczonym do kladu Pterodactyloidea, ani do parafiletycznej grupy Rhamphorhynchoidea.