Podobnie jak inne pterozaury Darwinopterus modularis miał dziewięć kręgów szyjnych, choć u D. robustodens występuje tylko osiem kręgów (u D. linglongtaensis zachowały się tylko trzy kręgi, jednak szyja holotypu tego gatunku jest bardzo niekompletna). Są one silnie przodowklęsłę. Szyja jest równej długości lub nieco dłuższa niż łączna długość kręgów grzbietowych i krzyżowych, co jest proporcją spotykaną wcześniej jedynie u pterodaktyli. Kręgi szyjne (zwłaszcza III–VII) były wydłużone, miały niskie wyrostki kolczyste i nie występowały na nich żebra szyjne. Szkielet pozaczaszkowy wykazywał wiele cech prymitywnych – Darwinopterus miał długi ogon składający się z ponad dwudziestu kręgów (późniejsze odkrycia wskazały, że składał się z 30 kręgów) oraz 27 kręgów przedogonowych, co także jest cechą plezjomorficzną.
Darwinopterus linglongtaensis i D. robustodens osiągały mniejsze rozmiary niż D. modularis. Holotyp i jedyny znany okaz D. linglongtaensis należał prawdopodobnie do osobnika bliskiego dorosłości, natomiast holotyp D.