sporządzanie produktów radiofarmaceutycznych na potrzeby udzielania świadczeń pacjentom danego podmiotu leczniczego; wytwarzanie płynów infuzyjnych; przygotowywanie roztworów do hemodializy i dializy dootrzewnowej; sporządzanie leków recepturowych, w tym leków jałowych; udział w monitorowaniu działań niepożądanych leków; udział w badaniach klinicznych prowadzonych na terenie szpitala; udział w racjonalizacji farmakoterapii; współuczestniczenie w prowadzeniu gospodarki produktami leczniczymi i wyrobami medycznymi w szpitalu. Do realizacji swoich zadań apteki szpitalne często wyposażone są w specjalistyczne pracownie, gdzie farmaceuci, w warunkach całkowitej aseptyki przygotowują jałowe postaci leków.
Mianem "apteki leków gotowych" nazywa się − w odróżnieniu od "aptek recepturowych" – takie, w których nie przygotowuje się leków wg receptury, a jedynie sprzedaje się gotowe specyfiki, oryginalnie opakowane przez producentów, bądź przepakowywane z większych opakowań do mniejszych ("fasowane"), zgodnie z zapotrzebowaniem pacjenta oraz przepisaną przez lekarza receptą.
Istnieją również apteki internetowe działające na zasadach podobnych do sklepów internetowychGłówny Inspektorat Farmaceutyczny.