Przez 2 lata spędzone w Leverkusen Ponte o miejsce w składzie rywalizował z takimi piłkarzami jak Bernd Schneider, Stefan Beinlich, Emerson, Zé Roberto, Carsten Ramelow, Michael Ballack i Jurica Vranješ.
Latem 2000 roku Ponte został sprzedany do VfL Wolfsburg, gdzie od razu wywalczył sobie miejsce w podstawowym składzie. W sezonie 2001/2002 zdobył w Bundeslidze 8 goli, w tym 2 w zwycięskim 2:1 pojedynku z Energie Cottbus rozegranym 9 lutego 2001 roku. Wolfsburg w sezonie 2001/2002 i 2002/2003 plasował się w środkowych rejonach ligowej tabeli, po czym w 2003 roku Ponte wrócił do Bayeru 04 Leverkusen. Przez kolejne 2 lata wystąpił w 43 spotkaniach Bayeru w Bundeslidze i strzelił w nich 4 bramki.
W 2005 roku piłkarz trafił do japońskiego Urawa Red Diamonds, gdzie zaczął odnosić największe sukcesy w karierze. W 2005 roku zdobył wicemistrzostwo kraju i został zwycięzcą Emperor's Cup. W 2006 roku wywalczył mistrzostwo i superpuchar oraz ponownie wygrał turniej Emperor's Cup. W 2007 roku Ponte drugi raz w karierze zdobył wicemistrzostwo Japonii, a także zwyciężył w rozgrywkach Azjatyckiej Ligi Mistrzów zdobywając w nich 4 gole. Ponadto Brazylijczyk został uznany najlepszym zawodnikiem sezonu w J–League i trafił do najlepszej jedenastki sezonu.