): ze względu na zasięg sił stosowanych w pomiarach sąsiednie punkty próbki często wpływają na obraz silniej niż miejsce nad którym próbnik się znajduje w przypadku pomiarów, które nie są prowadzone w wysokiej próżni (ang. ), obecność pary wodnej powoduje formowanie menisku wody, którym może silnie wpływać na wynik pomiaru nieliniowość i histereza skanerów piezoelektrycznych (pozycjonowanie próbka-próbnik) szumy oraz zewnętrzne drgania
Artefakty Te wszystkie czynniki wpływają na to, że na obrazach SPM pojawiają się tzw. artefakty (), czyli obiekty, które w rzeczywistości nie istnieją, fragmenty obrazu które „wyglądają” (niekoniecznie w sensie optycznym!) w rzeczywistości inaczej.
Najłatwiejsze do zaobserwowania artefakty to np. sferyczne cząstki koloidalne osadzone na gładkim podłożu (np. mice) wyglądające jak zaokrąglone i pochylone piramidki. Kształt tych „piramidek” jest wynikiem połączenia w obrazie cech powierzchni (kulista górna część cząstek koloidu „unosząca się” nad płaską powierzchnią podłoża) oraz cech próbnika (typowo: odwrócona piramida z zaokrąglonym czubkiem) – krzywizna zaokrąglonej części zaobserwowanej „piramidki” ma wówczas promień krzywizny równy sumie promieni krzywizny cząstki koloidu i czubka próbnika (ang. ).