14 stycznia 1969 na pokładzie lotniskowca doszło do tragicznego wypadku. W czasie startu jednego z samolotów, gorące gazy wylotowe podgrzały podwieszony na innym samolocie pocisk typu Zuni, pocisk został samoistnie odpalony i uderzył w zaparkowane samoloty. Gwałtowny pożar strawił 15 samolotów oraz uszkodził okręt. W wyniku pożaru na pokładzie zginęło 28 członków załogi a 343 zostało rannych. Mimo ofiar i odniesionych uszkodzeń, okręt był w stanie wznowić działania w awaryjnym trybie operacyjnym, zamiast tego został jednak skierowany do napraw na Hawajach.
Po zakończeniu wojny wietnamskiej okręt prowadził regularne działania operacyjne aż do roku 1988, kiedy uczestniczace w Praying Mantis samoloty jego grupy lotniczej zatopiły irańską fregatę „Sahand”. W latach 90. „Enterprise” wspierał działania IFORu w Bośni, a także w Iraku, egzekwując restrykcje „No-fly zone”. W październiku 2001 roku, samoloty skrzydła „Enterprise” wykonywały misje nad Afganistanem, wykonując uderzenia przeciwko siłom Talibanu i Al-Ka’idy.