Początkowo był zwolennikiem reform imperium w duchu liberalnym i decentralizacji, widząc przyszłość Albańczyków w ramach zmodernizowanej Turcji. Popierał rozwój edukacji w języku albańskim i uczestniczył w pracach nad standaryzacją alfabetu albańskiego, co niepokoiło władze centralne w Stambule. Jego krytyka autokratycznych rządów sułtana Abdülhamida II oraz zaangażowanie w sprawy albańskie doprowadziły do utraty stanowisk i łask dworu.
Emigracja i działalność niepodległościowa (1897–1908) W 1897 roku, oskarżony o spiskowanie przeciwko sułtanowi, Qemali został zmuszony do ucieczki z Imperium Osmańskiego. Okres emigracji (Ateny, Paryż, Genewa, Bruksela, Londyn, Rzym, Bukareszt, Wiedeń, Budapeszt) stał się kluczowy dla ukształtowania go jako przywódcy narodowego i dyplomaty sprawy albańskiej: Nawiązał kontakty z wpływowymi politykami i intelektualistami europejskimi, prezentując sprawę albańską i argumentując za autonomią lub niepodległością. Utrzymywał bliskie kontakty z albańskimi działaczami (m.in. Sami Frashërim, Faik Konica), uczestnicząc w życiu ruchu narodowego (Rilindja).