Pod koniec tradycyjna narracja serii została opuszczona – dwa ostatnie epizody miały bowiem miejsce bezpośrednio w umyśle głównego bohatera.
Po zakończeniu serii Neon Genesis Evangelion, Anno otrzymał wiele listów i e-maili od fanów – zarówno tych z gratulacjami, jak i z krytyką. W niektórych można było nawet znaleźć groźby śmierci od fanów, którzy uważali, że Anno zrujnował ich ulubioną serię. W odpowiedzi reżyser rozpoczął więc nowy projekt, który zakładał stworzenie filmu z „poprawnym” zakończeniem serii. Tak oto w 1997 roku powstała kontrowersyjna animacja pt. End of Evangelion.
Później Anno reżyserował znaczącą porcję Kareshi kanojo no jijō – pierwszy tytuł Gainaxu zaadaptowany z wcześniej napisanego materiału – dopóki dysputy pomiędzy sponsorami i twócami oryginalnej mangi nie zakończyły się jego odejściem i pozostawieniem przedstawienia w rękach swojego protegowanego Kazuya Tsurumaki.
Od tej pory Anno pracował razem z Hayao Miyazakim i Studiem Ghibli nad wieloma krótkimi filmami animowanymi, które są wyświetlane w Muzeum Ghibli.