Microbotryum violaceum poraża goździkowate (Caryophyllaceae), a Sphacelotheca fagopyri – grykę (Fagopyrum) (obydwa patogeny należą do Microbotryales i były mylone z podobnymi, należącymi do podtypu Ustilaginomycotina przed rozpoczęciem badań molekularnych)https://web.archive.org/web/20160303194009/http://www.clarku.edu/faculty/dhibbett/Reprints%20PDFs/Hibbett_et_al_AFTOL_class_2007.pdf A higher level phylogenetic classification of the Fungi], w: Mycological Research 111, Issue 5, s. 509–547.
Systematyka Do podgromady Pucciniomycotina należy około 7400 opisanych gatunków (w około 215 rodzajach). Ponad 95% gatunków należy do klasy Pucciniomycetes. Z powodu małych rozmiarów i specyficznej budowy trudne było ich usystematyzowanie filogenetyczne. Przełom w tej dziedzinie został dokonany w 1995, kiedy rozpoczęto sekwencjonowanie i inne badania z zakresu filogenetyki molekularnej.
Do podtypu Pucciniomycotina należy 9 klas: Agaricostilbomycetes R. Bauer, Begerow, J.P. Samp., M. Weiss & Oberw. Atractiellomycetes R. Bauer, Begerow, J.P. Samp., M. Weiss & Oberw. Classiculomycetes R. Bauer, Begerow, J.P. Samp., M.