W 1988 roku Setién przeszedł do CD Logroñés. 12 marca 1989 zadebiutował w nim w meczu z Valencią (0:1). W Logroñés grał przez 4 lata i w tym okresie pomagał zespołowi w utrzymaniu się w lidze. W 1992 roku wrócił do Racingu Santander i w 1993 roku awansował z nim do Primera División. W 1996 roku odszedł z niego do Levante UD z Segunda División B. Po pół roku gry w tym klubie zakończył karierę piłkarską.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Hiszpanii Setién zadebiutował 20 listopada 1985 roku w zremisowanym 0:0 towarzyskim spotkaniu z Austrią. W 1986 roku został powołany przez selekcjonera Miguela Muñoza do kadry na Mundialu w Meksyku, na których nie rozegrał żadnego spotkania. W kadrze narodowej w latach 1985–1986 rozegrał 3 spotkania.
Kariera trenerska Po zakończeniu kariery Setién został trenerem. Pracował w takich zespołach jak: Racing Santander, Polideportivo Ejido, reprezentacja Gwinei Równikowej i CD Logroñés. W latach 2009–2015 był szkoleniowcem klubu CD Lugo. W latach 2015–2017 był trenerem UD Las Palmas. W maju 2017 roku został trenerem Realu Betis, zrezygnował z prowadzenia zespołu 19 maja 2019. 13 stycznia 2020 został trenerem FC Barcelony zastępując Ernesto Valverde.