Za nadzorcę robót, działającego w imieniu króla, biskupa i kapituły katedralnej, można uważać kanonika Stanisława Borka.
Model był gotowy w 1546 r., kiedy zaczęto prace i pierwsze wypłaty.
Zapiski o ołtarzu urywają się w czasie nałożenia się śmierci króla i październikowego pożaru z 1549 r., który zniszczył południową i zachodnią część Wawelu.
Drugi etap prac trwał od maja do schyłku 1550 r. Remontowano i dekorowano wtedy prezbiterium. W maju podjęto decyzję o przekazaniu nastawy gotyckiej do Mogiły (nie zrealizowano tego ostatecznie). Wiadomości odnoszące się do nowego retabulum odnotowano w styczniu 1551 r. Wypłacano wtedy należność za pozłocenie i pomalowanie struktury, ornamentu, rzeźb, które musiały być gotowe od 1546. Prace pozłotnicze wykonano po zmontowaniu całości. Po prawie trzech latach przerwy Marcin i Stanisław zmontowali wykonane wcześniej segmenty w prezbiterium.
Środki na drugi etap prac zapewnił Zygmunt August.