Po śmierci Jacoba van Schuppena został w latach 1754–57 rektorem Akademii Sztuk Pięknych w Wiedniu, gdzie pracował jako wykładowca. Wykształcił wielu malarzy, m.in. jego uczniem był Martin Knoller (1725–1804).
Twórczość Troger tworzył głównie w Austrii i na Słowacji. Malował obrazy ołtarzowe oraz iluzjonistyczne malowidła sklepienne w klasztorach i kościołach. Wiele prac Trogera znajduje się w budowlach wzniesionych w Dolnej Austrii przez Josepha Munggenasta.
Freski Troger stworzył freski m.in. w kościele w St. Pölten (1729–30), opactwie Benedyktynów w Melku (1731), opactwie Benedyktynów w Altenburgu(1732–1733), opactwie Cystersów w Zwettl (1733), opactwie Benedyktynów w Seitenstetten (1735) i bazylice Maria Dreieichen (1752).
Obrazy olejne – wybrane dzieła Autoportret w wieku 30 lat (1728–30) – Innsbruck, Tiroler Landesmuseum Chrystus na Górze Oliwmej (ok. 1750) – Wiedeń, Österreichische Galerie Belvedere Powrót syna marnotrawnego (1735) – Paryż, Luwr Św. Piotr uzdrawia chromego – Sibiu, Muzeum Brukenthala Św. Sebastian i niewiasty (ok.