XX wieku wysłużone parowozy ze Szczecina zostały stopniowo zastąpione przez nowsze i silniejsze parowozy ELNA.

W ramach akcji „Mosty”, która rozpoczęła III powstanie śląskie, polscy dywersanci z Grupy Wawelberg planowali wysadzić most kolejowy w Krapkowicach. Budowla przetrwała zamach; uszkodzone zostały jedynie tory. Sukcesem zakończyło się jednak wysadzenie małego mostu w Dobrej, co skutecznie przerwało komunikację kolejową na linii na kilka miesięcy.

W 1945 linię włączono w struktury PKP. Ze względu na typowo lokalny charakter na linii nigdy nie było zbyt wielu pociągów pasażerskich; rozkład jazdy 1985/86 przewidywał 4 pary pociągów Gogolin – Prudnik i 2 pary Gogolin – Krapkowice. W ruchu towarowym zapewniano obsługę zakładów przemysłowych w Krapkowicach (papiernia, „Otmęt”), Zielinie (piaskownia), Białej (cukrownia, betoniarnia) oraz bocznicy do jednostki wojskowej w Krapkowicach; ponadto sezonowo na stacjach Biała, Krobusz i Łącznik znajdowały się punkty ładunkowe buraków cukrowych.