W latach 90. XX wieku w obiekcie miały miejsce kolejne prace renowacyjne: pozłocono ikonostas, doprowadzono wodę na cmentarz, który otoczono nowym ogrodzeniem, wykonano także nową bramę prowadzącą na teren świątyni.
Do początku lat 90. XX wieku cerkiew w Rogawce była filialną świątynią parafii Świętych Piotra i Pawła w Siemiatyczach, a nabożeństwa odbywały się w niej w co trzecią niedzielę. Była to także kaplica cmentarna przeznaczona dla prawosławnych mieszkańców Rogawki, Klukowa i Krupic. Od połowy tej samej dekady Święta Liturgia w świątyni ma miejsce co tydzień, w czasie świąt Paschy, Bożego Narodzenia i Zesłania Ducha Świętego oraz w Wielki Czwartek i Wielki Piątek. W sierpniu 1996 na mocy dekretu metropolity warszawskiego i całej Polski Bazylego cerkiew w Rogawce stała się świątynią parafialną. Nadal kultywowane są w niej tradycje związane z ikoną patronalną, której święto przyciąga również pielgrzymów z innych parafii.
29 sierpnia 2015, po zakończonym gruntownym remoncie, cerkiew została poświęcona przez metropolitę Sawę. W 2018 r. wstawiono do niej ikonę św. Jerzego z cząstką relikwii. W 2019 r. świątynia otrzymała nowe dzwony.