Dzień po sukcesie na festiwalu Webber przeszedł pomyślnie testy dla zespołu Alan Docking Racing, startującego w Formule 3. W zespole tym spędził cały sezon 1997. Wygrał swój czwarty w karierze wyścig w F3 na torze Brands Hatch i w klasyfikacji zajął czwartą pozycję. Zajął także trzecią pozycję w Marlboro Masters i czwartą w Grand Prix Makau.
Jego sukcesy w Formule 3 doprowadziły do podpisania kontraktu z AMG i występach w FIA GT Championship w 1998 roku. Webber był partnerem obrońcy tytułu Bernda Schneidera, pomagając mu w odniesieniu pięciu wygranych, nie zdobyli jednak tytułu przegrywając o osiem sekund na torze Laguna Seca w Kalifornii.
Kontynuując współpracę z AMG, Webber rozpoczął sezon 1999 jako główny kierowca swojego zespołu i z własnym samochodem. Program wyścigów zespołu w tym sezonie został zredukowany i obejmował wyścig 24 Godziny Le Mans i wybrane eliminacje serii American Le Mans Series. Program został przerwany po spektakularnym locie i obrotach w powietrzu samochodu Webbera podczas czwartkowych treningów do wyścigu w Le Mans. Bolid został odbudowany do wyścigu, lecz Webber podczas sesji rozgrzewkowej rozbił się w taki sam sposób. Z obydwu wypadków udało mu się ujść bez większych obrażeń. Pięć godzin po tym zdarzeniu, podczas wyścigu, jego partner z zespołu, Peter Dumbreck doświadczył identycznego zdarzenia.