wzniesiono wówczas fasadę z dwiema wieżami i frontonem. Przed fasadą zbudowano kruchtę nakrytą pulpitowym dachem. Z niewielkimi zmianami kościół przetrwał do dziś.

W chwili I rozbioru Polski w wileńskim konwencie żyło 14 bonifratrów. Prowadzili oni szpital aż do kasaty zakonu w 1843. Leczył się w nim m.in. hrabia Eustachy Tyszkiewicz.

W 1906 przeprowadzono gruntowny remont kościoła; przesklepiono wnętrze kolebką i pokryto ją sztukaterią. Postawiono nowy ołtarz główny, obok istniejących XVIII-wiecznych ołtarzy bocznych.

W 1924 bonifratrzy powrócili do Wilna i w klasztorze otworzyli przytułek dla starców i jadłodajnię dla ubogich.

Z wybuchem drugiej wojny światowej zakon bonifratrów opuścił Wilno. W 1947 kościół zajęły siostry zakonu Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. Po 1949 decyzją władz komunistycznych kościół i klasztor zostały zamknięte. Budynek klasztoru przebudowano na mieszkania.

W 1976 kościół przekazano we władanie filharmonii wileńskiej i urządzono w nim salę koncertową.

W 1984 na skwerze pobliżu kościoła postawiono wykonany przez Vladasa Vildziunasa pomnik zasłużonego dla Wilna architekta Wawrzyńca Gucewicza (1753-1798).