Usuniętego patriarchę zesłał do założonego przezeń klasztoru świętego Teodora nad Bosforem. 13 marca uroczyście stwierdził rezygnację patriarchy z urzędu. Po śmierci jego następcy Teodota I Kassiterasa, nowy cesarz Michał II zaproponował Niceforowi odwołanie z zesłania za cenę milczenia. Nicefor nie przyjął tych warunków. Zmarł po 14 latach wygnania, w 829 r.
W 847 r. z inicjatywy patriarchy Metodego I prochy Nicefora zostały przeniesione do cesarskiej stolicy i złożone w cerkwi Świętych Apostołów. Za swe zasługi w walce z ikonklazmem został kanonizowany. Następca patriarchy Metodego, Ignacy opracował obszerny i jednocześnie rozwlekły Żywot Nicefora Patriarchy.
Twórczość Rozprawy teologiczne Zachowało się kilka dzieł, pisanych przez Nicefora, związanych głównie z tematyką ikonoklastyczną, w których bezkompromisowo polemizowł z obrazoburcami, potępiając niszczenie przedmiotów z wizerunkami Chrystusa, Matki Bożej, aniołów i świętych. Zachowała się niewielka część pism teologicznych Nicefora. Głównym dziełem są Argumenty i kontrargumenty (Élenchos kaj anatropé), będące polemiką z postanowieniami obrazoburczego synodu z 815 r. Nicefor zbija w nim argumenty ikonoklastów, w szczególny sposób interpretujący pisma Ojców Kościoła przeciw kultowi świętych obrazów.